Rastelli devint boss et tout semblait enfin aller bien pour la Famille Bonanno. Jusqu'à ce que le FBI rende visite au capo Sonny Black, lui expliquant que depuis 6 ans il avait dans leurs rangs un agent fédéral. Donnie Brasco, alias Joe Pistone, avait infiltré avec succès la Famille Bonanno et avant que les mafiosi puissent réaliser ce qui venait de ce passer, les arrestations se multipliaient.
Pistone avait été choisi par le FBI pour cette mission d'infiltration parce qu'il était d'origine italienne, ne paniquait pas sous la pression et était très bien informé des codes et des règles de la Mafia.
Le corps de Sonny Black fut retrouvé plus tard, Le 12 août 1982 à Staten Island. Le FBI a officiellement annoncé qu'ils avaient trouvé le cadavre de Sonny Black. Le visage était tellement décomposé qu'une analyse dentaire a été exigée pour vérifier l'identité du cadavre. Ses deux mains avaient été coupées, symbole que plus jamais personne ne laissera un fédéral serrez la main d'un mafioso.
Suite à l'enquête "Donnie Brasco", Massino fut condamné à 10 ans en 1987 pour violation de la loi RICO et contrôle illégal du local 814 du syndicat des Teamsters (Camionneurs), qui représentait des déménageurs. Durant le procès, quand Pistone marcha devant Massino pour témoigner contre lui, il le regarda droit dans les yeux. Massino a alors dit « Hey, Donnie, quel acteur tu va prendre pour jouer mon rôle dans le film ? ». Malheureusement pour Massino, le film Donnie Brasco avec Al Pacino et Johnny Depp parlait plus du crew de Sonny Black que du sien.
Quand Philip "Rusty" Rastelli mourut en 1991, Massino était le membre des Bonanno qui avait les plus grandes capacités pour devenir boss. A la mort de Rusty, la Famille Bonanno étaient assez affaiblie. Elle était exclue de la Commission en raison de la guerre interne, qui avait entraîné la mort de plusieurs de ses membres. De plus, le trafic de narcotiques, grande spécialité de la Famille, avait attiré l'attention du FBI et de la DEA (Drug Enforcement Administration). Les fédéraux criaient déjà victoire, déclarant que la Famille ne se remettrait jamais du coup "Donnie Brasco".
En 1993, Massino sorti de prison et se remis au travail. Il dirigeait les Bonanno avec son ami et beau-frère Salvatore Vitale comme sous-chef et Anthony Spero comme consigliere.
Sous le règne de "Big Joey", la Famille devint encore plus puissante qu'avant la guerre et l'affaire Pistone. Il était discret, malin, et connaissait les pièges électroniques dont disposait le FBI pour surveiller les mafieux. Massino ferma la plupart des clubs sociaux appartenant aux Bonanno, sachant que le FBI les surveillait. Il vivait avec sa femme Josephine dans une modeste maison à Howard Beach*, dans le Queens. Sa maison se trouve à quelques pâtés de maison de celle de son ami, John Gotti, l'ancien boss des Gambino. Joey niait appartenir à la Cosa Nostra et accusait le gouvernement fédéral de racisme envers les Italo-Américains. Massino à possédait à Long Island une entreprise qui fournis des aliments aux vendeurs de rues (vendeurs de hot-dogs, etc.) Cette entreprise, appelée King Caterers, lui rapportait des revenus légaux considérables. Il était également propriétaire du Casablanca Restaurant dans le quartier de Maspeth**, Queens. Dans ce restaurant, il apprécie une bonne cuisine italienne et dirige ses affaires mafieuses avec ses capi. Le restaurant a même été un lieu de réunion pour la Commission des Familles de la Cosa Nostra. D'ailleurs, le menu du Casablanca comporte une précision ironique: « Casablanca : Where You're Treated Like Family » (Casablanca : où vous êtes traités comme la famille).
Tout allait bien pour "The Last Don" et sa Famille. Les Bonanno reconquirent leur place au sein de la Commission et la Famille gagnait beaucoup d'argent, en particulier grâce au trafic de narcotiques, le racket de syndicats, l'usure, le jeu clandestin et les machines de Poker électroniques. Mais en 2001, Sal Vitale, son sous-chef, et Anthony Spero, son consigliere sont condamnés à la prison à vie pour racket et meurtres. Joe Massino ne paniqua pas et remplaça Spero au poste de consigliere par Anthony "T.G" Graziano. Massino et Graziano furent vu ensemble plusieurs fois à l'aéroport de New York, les deux hommes se rendaient en Italie ou au Mexique, pour faire des affaires avec les criminels locaux. Malheuresement, Graziano fut à son tour arrêté en 2002 pour meurtre, conspiration de meurtre, trafic de drogue, extorsion et jeu illégal et fut condamné à 11 ans de prison en 2003.
En janvier 2003, Massino fut à son tour arrêté pour racket, sept meurtres (dont celui de Sonny Black), incendie volontaire, extorsion, usure, jeu illégal, conspiration et blanchiment d'argent. Il risquait alors la peine de mort et plaida innocent. En mai 2004 le procès commença et les choses se présentaient assez mal. Huit informateurs étaient prêts à témoigner contre Joseph Massino, parmi eux son beau-frère et son ami proche, Salvatore Vitale. Ce fut un véritable coup dur pour "Big Joey". Lors de son enfance, Massino, âgé de cinq de plus que Vitale, lui avait apprit à nager. Massino avait été le témoin au mariage de Vitale, et le parrain d'un de ses deux fils. Par ailleurs, c'est Massino qui a initié Salvatore Vitale dans la Famille Bonanno, à la fin des années 70. Cependant, Vitale avait de bonnes raisons pour témoigner. Vitale témoigna « j'avait le titre de sous-chef, mais en réalité, je n'était qu'un pantin ». Massino avait d'ailleurs pensé à faire tuer Vitale mais décida finalement de l'épargner pour que sa femme Josephine (la s½ur de Salvatore) n'ait pas à subir la perte d'un frère. Vincent "Vinny Gorgeous" Basciano, l'actuel boss de la Famille Bonanno, à été enregistré sur cassette en train de dire : « Malheuresement, on fait tous des erreurs, mais certaines erreurs sont plus graves que d'autres, » « Il [Massino] pensait à sa femme [la s½ur de Vitale] et au fond de lui, il ne voulait peu être pas vraiment tuer Vitale. »
Massino fut accusé de sept meurtres : ceux d'Alphonse "Sonny Red" Indelicato, Philip Giaccone, Dominick "Big Trin" Trinchera en mai 1981. Celui de Dominick "Sonny Black" Napolitano qui fut tué en août 1981. Celui de Tony Mirra, un soldat des Bonanno, assassiné le 18 février 1982 dans un parking de Lower Manhattan, après que les Bonanno aient découvert que c'était lui qui avait en premier introduit Pistone en tant qu'associé de la Famille. Cesare "Caesar" Bonventre, un capo rival de Massino qui fut assassiné en avril 1984. Et enfin Gabriel Infanti, un tueur à gages pour la Mafia, qui fut assassiné en décembre 1987 après avoir mal exécuté trois meurtres. Infanti était en plus suspecté de parler aux fédéraux. Il fut assassiné entre octobre et décembre 1987 dans un entrepôt de Staten Island. L'informateur Frank Coppa témoigna que Massino dit un jour que Gabriel Infanti a été tué parce que "Big Joey" craignait qu'Infanti puisse l'incriminer en témoignant lors de son procès pour racket de syndicat.
Le 30 juillet 2004, Massino fut jugé coupable de toutes les accusations portées contre lui. Il fut condamné à la prison à vie le 1 février 2005.
Le 27 janvier 2005, une incroyable nouvelle choqua tout le monde: Massino était une balance. Il avait secrètement enregistré avec un micro Vinny Basciano, l'acting boss des Bonanno, lors de visites en prison, en train de comploter l'assassinat d'un procureur fédéral. Massino a également enregistré Basciano en train de parler du meurtre de Randolph Pizzolo, un associé de la Famille : « Je pense que l'exemple du meurtre de ce gamin est un avertissement pour tout les autres qui veulent jouer les malins. »
Malgré ce témoignage, Massino fut tout de même condamné à la prison à vie. Par contre, le FBI ne saisira pas ses propriétés, c'est-à-dire sa maison à Howard Beach et celle où vie Adeline, sa mère de 89 ans, à Middle Village, Queens.
Joseph Massino admis le 23 juin 2005 avoir ordonné le meurtre d'un capo des Bonanno, Gerlando "George from Canada" Sciascia.
*Howard Beach est un quartier dans le sud du Queens. Howard Beach est un quartier majoritairement Italo-américain, mais abrite des petites communautés Juive, Irlandaise et Polonaise. Le catcheur professionnel James Maritato appelé "Little Guido Maritato" ou "Nunzio" est originaire d'Howard Beach.
Par ailleurs, Le quartier d'Howard Beach fit parler de lui lorsque le 20 décembre 1986, trois hommes Afro-américains furent attaqués par des adolescents du quartier. Les trois noirs passaient dans le quartier, lorsqu'ils furent interpellés par des jeunes voyous blancs qui leurs criaient des insultes raciales et leur disait de quitter leur territoire. Les trois Afro-américains, qui avaient faim, décidèrent tout de même d'aller manger dans une pizzeria locale. Lorsqu'ils sortirent de la pizzeria, un gang de plus de 10 blancs les attendait avec des battes de baseball. Les trois hommes noirs se firent violemment tabasser. Une des victimes, Michael Griffith, fut tué lorsqu'un automobiliste qui passait ne put l'éviter et lui roula dessus. Cet accident entraina une vague de tensions raciales à New York et attira l'attention nationale. Un évènement similaire eu lieu le 29 juin 2005, quand trois hommes Afro-américains furent attaqués avec des battes de baseball; l'un d'entre eux fut grièvement blessé et fut hospitalisé. Deux arrestations eurent lieu suite à cette attaque. L'un des attaquants, l'Italo-américain Nicholas "Fat Nick" Minucci, un ami des petits fils de John Gotti (Carmine Gotti Agnello, John Gotti Agnello et Frank Gotti Agnello) déclara que les victimes avaient essayer de lui voler la chaîne en or à 3000 dollars qu'il avait autour du cou ce jour là. Le 17 juillet 2006, Minucci, 20 ans, fut condamné à 15 ans de prison pour insulte à caractère raciale (il aurait hurlé “c'est ce qui arrives quand tu veux voler un blanc, sale nègre !”) et attaque et dépouillage de Glenn Moore, l'une des victimes dont il fracassa le crâne. Minucci a prit les baskets de Moore, ainsi que son sac qui contenait une paire de chaussures et des vêtements pour la fille de Moore, qui avait 6 ans au moment des faits.
**Maspeth est un petit quartier du Queens, composé de petites maisons ouvrières et de très peu d'appartement. Plusieurs cimetières composent une large partie de ce quartier. La plupart des habitants de Maspeth sont d'origine Polonaise ou Italienne.



